Fungsi Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara Manado adalah mengadili sengketa tata usaha negara dalam wilayah yuridiksinya. Sengketa tata usaha negara adalah sengketa yang timbul dalam  bidang  Tata Usaha  Negara  antara orang  atau  badan hukum perdata dengan Badan atau Pejabat Tata Usaha Negara, baik di pusat maupun di daerah, sebagai akibat dikeluarkannya Keputusan Tata Usaha Negara, termasuk sengketa kepegawaian berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku. Adapun  yang  dimaksud  dengan     keputusan  Tata  Usaha  Negara  adalah  suatu penetapan tertulis yang dikeluarkan oleh Badan atau Pejabat Tata Usaha Negara yang berisi tindakan hukum Tata Usaha Negara yang berdasarkan peraturan perundang- undangan yang berlaku, yang bersifat konkret, individual, dan final, yang menimbulkan akibat hukum bagi seseorang atau badan hukum perdata.

Tugas dan Wewenang Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara Manado adalah :

1. Memeriksa dan memutus sengketa Tata Usaha Negara di tingkat banding dalam wilayah hukumnya;
2. Memeriksa dan memutus di tingkat pertama  dan  terakhir  sengketa  kewenangan mengadili antara Pengadilan Tata Usaha Negara di dalam daerah hukumnya;
3. Memeriksa, memutus, dan menyelesaikan di tingkat pertama sengketa Tata Usaha Negara dalam hal telah dilakukan upaya banding administratif;
4. Melakukan pengawasan terhadap jalannya peradilan di tingkat pengadilan tata usaha negara di wilayah hukumnya dan menjaga agar peradilan diselenggarakan  dengan seksama dan sewajarnya.

Selain  tugas  dan  wewenang  sebagiamana  diatur  dalam  Undang-Undang Nomor 51 Tahun 2009 tentang Perubahan Kedua Atas Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara, sebagai salah satu pelaksana kekuasaan  kehakiman  yang  berpuncak  pada  Mahkamah  Agung  RI,  Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara Manado juga memiliki tugas untuk berperan serta secara aktif dalam pencapaian program-program yang dicanangkan oleh Mahkamah Agung RI.